Pondok Pesantren Cendekia Madani berada di bawah naungan badan penyelenggara Yayasan Cendekia Mandiri Mengabdi, yang diprakarsai dan didirikan oleh para tokoh nasional dan akademisi, yaitu Bapak H. Bahlil Lahadalia (Menteri Investasi/ Kepala BKPM Kabinet Indonesia Maju II), Dr. H. Eka Sastra, S.E., M.Si, H. Mulyadi Jayabaya, Prof. H. Ahmad Erani Yustika, M.Sc, Ph.D., dan Prof. Dr. Arif Satria, SP, M.Si. Pesantren Cendekia Mandiri merupakan lembaga pendidikan yang menyeimbangkan pembelajaran pesantren tradisional dan pendidikan formal modern. Para santri nantinya tidak hanya akan menjawab tantangan persoalan berkaitan agama akan tetap juga cakap dalam sains, teknologi, sosial humaniora, dan seni. Pesantren Cendekia Mandiri menyelenggarakan pendidikan pesantren dan pendidikan formal (tingkat Madrasah Tasanawiyah dan Madrasah Aliyah/SMK/SMA), yang memiliki ciri khas leadership dan entrepreneurship. Di samping mendalami ilmu agama dan budi pekerti luhur, sains dan teknologi, para santri diajarkan sikap dan karakter seorang pemimpin (leadership) dan pengusaha (entrepreneruship).